如果CAD图纸中的实际坐标被放大了1000倍，可以通过CAD软件中的缩放命令或变换功能来将其缩小1000倍。

在CAD软件中，缩放功能是一个非常实用的工具，它允许用户按照指定的比例因子来调整图形的大小。当发现图纸中的坐标被不当地放大了，比如本题中提到的放大了1000倍，就可以利用这个功能来恢复到正确的比例。

具体操作步骤如下：首先，选择需要缩放的图形对象。然后，在CAD命令栏中输入SCALE命令，根据提示指定一个基点，这个基点是缩放操作的参考点。接着，输入缩放比例因子，由于坐标被放大了1000倍，所以应该输入0.001作为缩放比例，这样图形就会按照这个比例相对于基点进行缩小。最后，确认操作，图形就会被缩小到原来的1/1000大小。

举个例子，如果原图中有一个线段，其长度在CAD中显示为1000单位，但实际应该是1单位，那么在使用SCALE命令并输入0.001作为缩放比例因子后，这个线段的长度就会变为1单位，从而恢复到了正确的尺寸。这个过程不会改变图形的其他属性，如颜色、线型等，只是单纯地改变了图形的大小。通过这种方式，可以有效地修正因误操作或其他原因导致的图形尺寸错误。